Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh pembatasan dengan tinggal di luar Indonesia sejak kelas tiga. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan ke universitas Amerika terkemuka, meskipun prestasi sekolah menengahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Rumah kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo menonjol sebagai kapten tim sepakbola, tim debat, dan tim catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Pada waktu itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
