PT KAI Daop 6 Yogyakarta berencana melakukan penataan ulang terhadap Stasiun Lempuyangan. Langkah ini menjadi penting untuk meningkatkan kapasitas stasiun guna memastikan keamanan dan kenyamanan penumpang. Tingginya volume penumpang kereta api jarak jauh dan KRL di Stasiun Lempuyangan telah mendorong perlunya peningkatan pelayanan.
Dalam proses penataan ini, PT KAI juga akan mengakuisisi 13 rumah dinas di sekitar emplasemen stasiun sebagai aset bangunan perusahaan. Meskipun sejumlah warga yang tinggal di rumah-rumah tersebut menolak untuk digusur, KAI Daop 6 Yogyakarta telah memperoleh izin penggunaan dan pengelolaan kawasan tersebut.
Pihak perusahaan juga memiliki surat keterangan pendaftaran tanah yang melegitimasi rencana penataan emplasemen Stasiun Lempuyangan. Meskipun rencana penataan ini menuai protes dari sebagian warga sekitar, PT KAI tetap bertekad untuk melaksanakannya guna meningkatkan pelayanan dan keselamatan penumpang. Hal ini sejalan dengan upaya pemerintah dalam pengembangan transportasi publik yang lebih baik.
